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Séquençage du virus : pourquoi c’est important et pourquoi nous sommes nuls.

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Séquençage du virus : pourquoi c'est important et pourquoi nous sommes nuls
© Christophe Archambault / AFP

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Sciences

Par Margot Brunet. MARIANNE

Publié le 25/07/2021

Séquencer le coronavirus permet de savoir si une personne est infectée par un variant, et si un nouveau mutant apparaît. Sur ce sujet aux enjeux colossaux, la France est à la traîne. À tort.

Cinq petites lettres et même une seule dans l’alphabet grec : Delta. Tout le monde cite ce variant, comme hier ceux qui sont venus d’Angleterre (Alpha), d’Afrique du Sud (Bêta) ou du Brésil (Gamma). Et tout le monde, même les non-hellénistes, redoute les lettres suivantes : Epsilon, Zêta, Êta… synonyme d’épidémie sans fin. « Ça ne sert à rien de s’alarmer dès qu’un variant apparaît, tant que l’on est capable de les détecter et de réagir » estime le Pr Pawlotsky, chef du pôle Biologie et pathologie de l’hôpital Henri-Mondor, à Créteil, en banlieue parisienne. Rassurant ? Oui, mais à condition de bien connaître les secrets du Covid et de ses satanées souches.

Pour attendre ce Graal biologique, il existe une seule solution : séquencer le virus, plus exactement son matériel génétique, composé de 30 000 molécules qui se suivent (lire l’encadré 1). Ce « découpage » en tranches permet de savoir si une personne positive est atteinte d’un nouveau variant. Plus on mène cette analyse, plus le risque de laisser passer des nouvelles mutations entre les mailles du filet est faible. On peut alors prendre des mesures sanitaires pour limiter leur transmission le plus vite possible. Pas besoin d’une thèse en épidémiologie pour comprendre les enjeux des recherches. Et pourtant, la France ne semble pas en avance sur le sujet. Après les masques, les tests, les vaccins, le séquençage serait un énième retard à l’allumage dans la gestion française de la pandémie. Conséquence, aussi, d’un manque d’investissement massif dans la recherche et la santé publique depuis des dizaines d’années.

RATTRAPER LE RETARD

« Depuis des années, on traque la moindre dépense des scientifiques. Alors forcément, au début de la pandémie, tout le monde n’avait pas le matériel nécessaire pour le séquençage haut débit, loin de là » raconte Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS en biologie de l’évolution. Le prix du matériel ? Compter plusieurs centaines de milliers d’euros pour un équipement complet. De ce fait, et parce que certains scientifiques et politiques n’en ont pas fait une priorité, la France n’a pas investi dans cette analyse génétique des agents infectieux.

Si bien que, à la fin de décembre 2020, seul 1 cas positif sur 1 000 était soumis à un séquençage, contre 55 au Royaume-Uni. Ce qui plaçait la France au 51e rang quant au nombre d’analyses réalisées. « L’Angleterre est l’un des pays les plus avancés en la matière, c’est dans leur tradition »décrypte Laurence Josset, virologue aux Hospices civils de Lyon. Hasard ou preuve de la qualité de leur système de surveillance, le premier variant problématique est d’ailleurs détecté outre-Manche, rapidement suivi par la souche apparue en Afrique du Sud, également à la fin de décembre 2020.

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