– Après le Sras en 2003 et le Mers en 2012, le Sars-CoV-2 est le troisième coronavirus à provoquer chez l’homme une épidémie inquiétante.

Pour Bruno Canard*, directeur de recherche du CNRS au laboratoire architecture et fonction des macromolécules biologiques (Aix-Marseille Université), trop de temps a été perdu depuis 2003 pour mettre au point des traitements efficaces contre les coronavirus. Ce chercheur, qui travaille sur la réplication des virus à ARN, dont font partie les coronavirus, depuis l’émergence du syndrome respiratoire aigu sévère il y a 17 ans, estime qu’il est temps de repenser la recherche, et notamment ses financements, et d’arrêter de passer d’un sujet à l’autre.

Le Point : N’y a-t-il pas eu une sorte de mise en sommeil de la recherche sur les coronavirus entre les épidémies qui nous a fait accumuler du retard dans la prise en charge de cette épidémie ?

Bruno Canard : Ce sujet sera forcément abordé. Il est évident qu’il y a eu des erreurs dans le financement de la recherche ces dernières années. Dans la mesure où il faut un an et demi pour concevoir un vaccin, sans être sûr que l’épidémie existera toujours quand il sera prêt et sans être sûr qu’il sera efficace contre un éventuel Sars-CoV-3, nous ne pouvons pas attendre. Au cours des 17 années qui se sont écoulées depuis le Sras, on aurait pu développer des médicaments, prêts à l’emploi sur les étagères, contre les coronavirus que nous connaissons. À l’instar de l’antiviral Remdivisir de Gilead, qui est très prometteur, on aurait pu avoir une palanquée d’autres médicaments prometteurs comme lui. Mais, à partir de 2006-2007, notre groupe de recherche a eu de plus en plus de mal à se faire financer des projets sur le virus du Sars, et on n’est pas les seuls. Tout le monde s’en fichait l’épidémie passée. Aujourd’hui, la politique de santé fonctionne un peu comme les réseaux sociaux. Il y a une épidémie, on réagit. On injecte des millions d’euros, puis on oublie. La science ne marche pas comme ça ! Elle a besoin de réflexion, de calme, sinon, on fait n’importe quoi. Pour l’instant, l’urgence est d’organiser la réponse à cette crise sanitaire, mais il faudra que, cette fois, les leçons soient tirées. Les discussions vont être sévères après la crise. Il y a eu un premier Sars-CoV, aujourd’hui Sars-CoV-2, il faut s’attendre un jour à un Sars-CoV-3.

Pour que ce genre d’épidémie ne se reproduise pas ou, du moins, ne devienne plus contrôlable, nous avons besoin d’une recherche scientifique de bon niveau, pas de travailler sur les coronavirus seulement quand c’est l’urgence absolue comme aujourd’hui. Depuis 2003, on avait des connaissances acquises transposables. Mais dans la recherche, on saute d’un sujet à l’autre, il n’y a pas assez de continuité, on a perdu beaucoup trop de temps !

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Vous qui connaissez bien la structure des coronavirus, celle de Sars-CoV-2 inspire-t-elle des pistes aux chercheurs pour l’éliminer ?

Oui. En fait, pour faire simple, la structure des coronavirus est composée de deux parties qui nous intéressent pour les atteindre : d’une part, les éléments extérieurs, telle l’enveloppe, et, d’autre part, un « moteur moléculaire » permettant la réplication. Autant la première partie est soumise à la sélection et donc varie beaucoup d’un coronavirus à l’autre, autant le moteur est, lui, quasiment identique. Ce qui veut dire que, si l’on cible celui-ci, il est presque certain qu’un médicament qui marchera sur le Sars-CoV de 2003 fonctionnera sur le Sars-CoV-2. Or, il en existe déjà un : le Remdesivir, un antiviral produit par la firme Gilead. Visiblement assez actif contre le Sars et contre le Mers, il est d’ailleurs d’ores et déjà en essai sur le coronavirus actuel. A priori, il a le bon profil, sans trop d’effets secondaires, ce qui fait de lui un très bon candidat pour lutter contre l’épidémie actuelle.

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Que faut-il penser de l’efficacité de la chloroquine dont on parle beaucoup ces temps-ci ?

Elle agit sur l’autre partie du virus qui nous intéresse, la partie extérieure. Lorsque le virus pénètre dans la cellule, il se retrouve dans un compartiment de la cellule appelé l’endosome. Pour que son enveloppe puisse s’ouvrir et provoquer la fusion avec la cellule, il y a besoin d’acidité. La chloroquine empêche cette acidification et, donc, le virus d’entrer dans la cellule. C’est une molécule qui n’est pas chère et disponible facilement. Comme tous les médicaments, elle a des effets secondaires dont il faut tenir compte. En laboratoire, elle fonctionne très bien. Les cellules traitées avec la chloroquine ne se laissent pas infecter par les coronavirus, comme on l’a observé avec d’autres types de virus comme ceux de la dengue, zika ou le chikungunya. Cela paraît formidable, mais quand on a essayé cette même chloroquine sur des animaux modèles ou même sur des malades, elle n’a pas montré cette même efficacité phénoménale. C’est bien en deçà qu’espéré, elle ne marche pas suffisamment bien pour contrôler les virus.

Dans le cadre du Sars-CoV-2, il semblerait qu’en Chine, dans un essai clinique sur cent personnes infectées et traitées à la chloroquine, une équipe ait observé une amélioration. Mais il faut rester extrêmement prudent avec ce résultat. Cent personnes pour un essai clinique, c’est très faible. L’étude n’a pas été publiée et n’est donc, pour l’heure, pas validée par la communauté scientifique. C’est encourageant, les Chinois n’ont pas de raison de mentir, mais il faut que la communauté scientifique ait accès aux datas et les valide. Ce médicament n’est pas cher et visiblement peu toxique. Mais il ne faut pas crier victoire. Imaginons que les gens s’emparent de la chloroquine et l’utilisent à tort et à travers. Les conséquences pourraient être catastrophiques. Il pourrait même y avoir plus de morts que ceux engendrés par le coronavirus lui-même. Il faut rester strict d’un point de vue scientifique.

Le virus de la grippe est un petit bijou de l’évolution.

Est-ce que la structure du virus peut influer sur son pouvoir de mutation ?

C’est difficile à dire. Les coronavirus ont un très grand génome avec de nombreux gènes. Il existe donc une forte probabilité d’erreurs lors de la réplication, c’est-à-dire de mutations. Néanmoins, les coronavirus ont cela d’unique qu’ils possèdent aussi un mécanisme de réparation de ces mutations. En revanche, ce que nous ignorons encore, c’est s’ils possèdent un mécanisme permettant d’engendrer des mutations à volonté ou, au contraire, de répliquer très fidèlement les génomes. En tout cas, comme tous les virus à ARN, le Sars-CoV-2 se multiplie en grand nombre d’exemplaires dans la cellule infectée, comprenant de nombreux mutants potentiels. Seuls les plus adaptés survivent.

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Au fil des mutations, les virus peuvent-ils devenir de plus en plus pathogènes ?

Ce n’est pas dans leur intérêt de devenir très pathogènes, car alors ils tueraient les cellules colonisées avant de pouvoir se reproduire. Les virus privilégient une certaine pathogénicité qui leur permet de se reproduire. Ainsi, la grippe est un virus exceptionnellement bien adapté dans la nature. Il peut persister dans plusieurs hôtes, ne tue qu’assez peu et se diffuse extrêmement bien. C’est un petit bijou de l’évolution. C’est le nombre très important de cas qui en fait, au final, un virus qui tue beaucoup.

L’actuel coronavirus semble plus contagieux que le Sars-CoV responsable de l’épidémie de Sras de 2003, sait-on pourquoi ?

Cela découle notamment d’une différence de structure entre les deux virus. Le Sars-CoV-2 possède des marqueurs indiquant une moindre pathogénicité que le Sars-CoV de 2003, mais une transmissibilité plus importante. On a pu le voir dès le départ. Dès que les chercheurs chinois ont publié le génome du virus, nous avons pu faire des comparaisons avec ce que l’on savait du virus de 2003. C’est un des miracles de la biologie moléculaire et du partage des données entre chercheurs ! On a pu déduire cette dissémination augmentée en observant seulement sa structure, avant d’avoir les données épidémiologiques qui confirment nos observations aujourd’hui.

On a remarqué de petits changements au niveau de ses protéines de surface qui favorisent la fusion du virus avec les cellules. C’est un membre de mon équipe, Étienne Decroly, son étudiante Coralie Valle et un collègue de l’équipe de Xavier de Lamballerie, Bruno Coutard, à Marseille, qui s’en sont aperçus. Nous l’avons d’ailleurs publié, en collaboration avec Nabil Seidah, au Canada*. Grâce à ces protéines dites « spike », parce qu’elles sont en forme de pointe, le virus s’attache à la cellule et y pénètre beaucoup plus facilement, se reproduit plus, d’où le fait qu’il puisse davantage se disséminer au fil du temps que le Sars-CoV de 2003. Ces « spike » sont elles aussi une cible encourageante dans la mise au point des traitements.

Bruno Canard est directeur de recherche au CNRS au laboratoire architecture et fonction des macromolécules biologiques à Aix-Marseille Université.

* The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E. Antiviral Res. 2020 Feb 10 ; 176 : 104742)